海门动物中心的质量保证（QA）和质量控制（QC）在质量控制部门和IACUC 的双重监督下进行。在海门动物中心进行的质量控制测试包括：
每月检测：每个笼架收集小鼠粪便颗粒通过微生物培养和PCR方法进行内部微生物检测。
检测项目：小鼠肝炎病毒（MHV）、幽门螺杆菌属、金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、奇异变形杆菌。
每季度检测：笼架上哨兵鼠送检苏州西山生物科技有限公司（VRL中国中心）进行微生物检测。
免疫健全小鼠：45项
免疫缺陷小鼠：48项
可根据客户的要求，在标准项目基础上添加额外的微生物检测项目。截至2017年底，根据客户要求总共检测61项，检测结果均为阴性。
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动物微生物学质量控制
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动物遗传背景质量控制
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第一阶段：全检
F1代到F3代，每代连续检测前两胎，按照100%进行检测改造后的靶点；
第二阶段：20%抽检
F4代，每代连续检测前两胎，按照20%进行抽检改造的靶点；
在纯合基础上通过IVF产生的后代，也按照20%的比例进行抽检
第三阶段：5%抽检
F5代，每代连续检测前两胎，按照5%进行抽检改造的靶点；
第四阶段：季度抽检
从F6代到F7代，每季度按照5%进行抽检改造的靶点；
第五阶段：年度抽检
从F8代以后，种群量在1000只以下的，每月抽检16只；
种群量在1000只以上的，还是维持每季度5%进行抽检；
每年做一次全面的遗传背景检测（根据对应课题鼠的特征，检测相应的位点数量）
注意：
1. 所有小鼠在离乳前剪尾一次，留种的后备鼠在配种之前再剪尾一次，即3周离乳的后备种鼠，在饲养到6周时，统一再安排一次剪尾做基因型复核；
直到发展到第四阶段后，恢复正常检测。
2. 如果基因鉴定结果表明存在杂合子后代，则检测到这些杂合子小鼠的采样复杂度将延长到下一个采样阶段。
例如，在第1阶段(F1、2、3)100%进行基因型鉴定，检测到杂合后代，则在第2阶段（通常20%抽样鉴定）增加F4代进行100%基因型鉴定。
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人员资格及培训
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超过180名动物护理和生产人员通过海门动物中心严格的内部培训计划认证。
严格执行50多个动物标准操作规程。
一名现场委员会认证的兽医和四名兽医助理确保动物健康和福利。
动物生产总监和动物中心运营总监，具有20多年的动物生产和繁育经验，负责动物中心运营的所有方面，包括主动预防流行病、遗传标记检测和稳定性、动物生产的环境条件和保证高质量的动物研究。
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资质认证
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自2016年10月，海门动物中心全条件通过AAALAC认证后，2019年10月又顺利通过了第一个3年复审。
